生物有機(jī)肥營養(yǎng)元素齊全；化肥營養(yǎng)元素只有一種或幾種。生物有機(jī)肥能夠改良土壤；化肥經(jīng)常使用會造成土壤板結(jié)。

生物有機(jī)肥能提高產(chǎn)品品質(zhì)；化肥施用過多導(dǎo)致產(chǎn)品品質(zhì)低劣。生物有機(jī)肥能改善作物根際微生物群，提高植物的抗病蟲能力；化肥則是作物微生物群體單一，易發(fā)生病蟲害。

生物有機(jī)肥能促進(jìn)化肥的利用，提高化肥利用率；化肥單獨(dú)使用易造成養(yǎng)分的固定和流失。生物有機(jī)肥完全腐熟，不燒根，不爛苗；精制有機(jī)肥未經(jīng)腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，會引起燒苗現(xiàn)象。生物有機(jī)肥經(jīng)高溫腐熟，殺死了大部分病原菌和蟲卵，減少病蟲害發(fā)生；精制有機(jī)肥未經(jīng)腐熟，在土壤中腐熟時會引來地下害蟲。