原料用于加工有機大米的稻谷應來源于頒證的有機稻谷生產基地，不得混入來自非有機稻谷生產基地的稻谷，不得混入摻假的、含雜質的以及品質變劣的原材料。有機稻谷的運輸、驗收、貯存操作應避免機械損傷、混雜和污染，并完整準確地記錄好原料的來源和流轉情況，執行備案登記制度。再加工和深加工產品所用的主要原料應是有機原料，有機原料按質量計不得少于95%。

加工廠有機大米加工所處的大氣環境不低于GB3095中規定的二級標準要求。加工廠址要遠離垃圾場、醫院200m以上；離經常噴灑化學農藥的農田500m以上，距交通主干道50m以上，距排放“三廢”的工業企業1000m以上。有機大米加工用水應達到GB5749的要求。

加工設備選用先進的環保組合式的精加工設備；要有去石、去鐵、去雜設備；并配備拋光機及色選機。產品在整個加工流程中不得與鉛及鉛銻合金、鉛青銅、錳銅、鉛黃銅、鑄鋁及鋁合金材料接觸。高噪聲不得超過80dB。強烈震動的加工設備應采取必要的防震措施。