（1）提高土壤肥力。這是微生物肥料的主要功效，例如各種自生、聯(lián)合或共生的固氮生zd物肥料，可以固定空氣中的氮素，增加土壤中的含氮量；多種分解磷鉀礦物的微生物，如硅酸鹽細菌能分解土壤中的鉀長石、云母及磷礦石，使其中難溶的磷、鉀有效化。（2）制造和協(xié)助農(nóng)作物吸收營養(yǎng)。有些菌肥施用后，由專于微生物的活動，不僅能增加土壤有效養(yǎng)分，還能產(chǎn)生多種激素類物質(zhì)和各種維生素，從而促進作物的生長；根瘤菌肥中的根瘤菌向豆科植物一生提供的氮素占其一生需要量的30%～80%；VA菌根是一種土壤真菌，它可以與多種植物根共生，其菌絲伸出根部很遠，屬可以吸收更多的營養(yǎng)供各種植物利用，其中以對磷的吸收最為明顯。

生物肥料亦稱生物肥、菌肥、細菌肥料或接種劑等，但大多數(shù)人習(xí)慣叫菌肥。確切地說，生物肥料是菌而不是肥，因為它本身并不含有植物生長發(fā)育需要的營養(yǎng)元素，而只是含有大量的微生物，在土壤中通過微生物的生命活動，改善作物的營養(yǎng)條件。 目前，市場上出現(xiàn)的各種生物肥料，實際上是含有大量微生物的培養(yǎng)物。它們可以是粉劑或顆粒，也可以是液體狀態(tài)。將它們施到土壤里，在適宜的條件下進一步生長、繁殖，一方面可以將土壤中某些難于被植物吸收的營養(yǎng)物質(zhì)轉(zhuǎn)換成易于吸收的形式，另一方面可以通過自身的一系列生命活動，分泌一些有利于植物生長的代謝產(chǎn)物，刺激植物生長。含固氮菌的菌肥還可以固定空氣中的氮素，直接提供植物養(yǎng)分，不過目前各種菌肥能固定的氮素數(shù)量十分有限。

生物菌肥又稱菌肥，微生物菌肥，生物肥，例如：金寶貝微生物菌肥，具有固氮解抄磷解鉀的能力，其內(nèi)襲含有大量有益微生物，其中大量有益微生物能迅速在土壤中以幾何級數(shù)繁衍擴散，以知及功能微生物的代謝產(chǎn)物，能改善土壤的理化性狀，提高親水性、吸附性，增強通透性和保水保肥能力，從面改善作物品質(zhì)，提高產(chǎn)量。目前已經(jīng)有越來越多的人在使用微生物菌道肥。